B超对胎儿到底有无伤害，在医学领域中尚没有权威性定论，可谓众说纷纭，大多数学者认为B超检查对胎儿没有肯定的伤害。
从B超原理上分析，B超是超声传导，不存在电离辐射和电磁辐射，是一种声波传导，这种声波对人体组织没有什么伤害。但如果声波密集在某一固定地方，又聚集很长的时间的话，就会有热效应，这种热效应达到一定程度时，可能会对人体组织产生不良的影响，影响细胞内的物质，包括染色体。理论上是高强度的超声波可通过它的高温及对组织的腔化作用，对组织产生伤害。但事实上，医学使用的B超是低强度的，低于94毫瓦/立方厘米，对胎儿是没有危害的，至今尚没有B超检查引起胎儿畸形的报道。目前，各医院在产科领域中使用的B超检查对胎儿是安全的。
但是，这并不意味着在整个妊娠期可以随意地做B超检查，而没有时间和次数的限制。曾经有学者做过这样的实验，对十一到十二周的胎儿眼睛的晶状体和角膜进行B超照射， 发现没有照射过的，没有任何影响，照射五分钟的，角膜或晶状体有轻度水肿，照射十分钟的，水肿程度较照射五分钟的重一些，但是可逆的，停止照射后可恢复正常。如果照射时间超过了二十分钟，改变就不可逆了。所以，有学者建议，一次B超的时间不要超过五分钟。
曾有人利用新生儿脐带血的淋巴细胞做“姐妹染色单体互换”试验，简称“SCE”试验，对妊娠3个月以内，孕4～6个月及孕7月至足月首次接受B超检查和怀孕后未做过产科B超检查的新生儿脐血中的SCE进行比较，结果显示：早孕期间做过产科B超的新生儿脐血中SCE频率增高，而中、晚期妊娠做过产科B超检查的新生儿脐血SCE与孕期未曾做过B超的新生儿无显著差异。
SCE增高是机体受环境有害因素影响的一种警告信号，反映了细胞的遗传物质受到损伤后仍存活下来的细胞情况。早孕期是胚胎受致畸、致突变、致癌因素影响最危险阶段，B超检查引起该阶段的SCE频率增加，表示胎儿的DNA可能受到某种损害。因此，早孕期的产科B超检查应慎用。
